Responsável por organizar o sistema de ensino do país, além de definir as políticas e diretrizes educacionais. É responsável pela criação e manutenção do ENEM (Exame Nacional do Ensino Médio), do PROUNI (Programa Universidade para todos), do SiSu (Sistema de Seleção Unificada), entre outros. Para uma Universidade ministrar um curso, por exemplo, é necessário ter aprovação do MEC. Seu orçamento é de R$ 101 bilhões; depois do Ministério da Saúde, é o segundo com maior orçamento.
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